Здравствуйте!
Для того чтобы получить налоговый вычет при покупке недвижимости Вам необходимо подать документы по месту постоянной регистрации, при этом не имеет значения, в каком городе Вы эту недвижимость приобрели.
Стандартный список документов:

1. Паспорт
2. Справка по форме 2-НДФЛ
3. Подтверждение факта приобретения недвижимости (договор купли-продажи квартиры, долевого участия в собственности новостроя и т.п.). К договору прилагаются платежные документы, которые удостоверяют, что именно Вы являетесь плательщиком за приобретенное имущество. Также в налоговые органы подается заверенная копия акта приема-передачи недвижимости
4. Свидетельство права собственности на квартиру
5. Банковский договор на получение Вами целевого кредита. Подчеркиваем, что предметом договора может выступать только получение ипотечных средств на покупку (строительство) жилья. В противном случае права претендовать на имущественный вычет Вы не имеете
6. Документ, подтверждающий уплату Вами процентов за пользование ипотекой. Он оформляется в виде справки, получить его можно в банке, обратившись туда с запросом. В справке указывается сумма процентов, которая была уплачена Вами в течение года. В органы налоговой службы Вам необходимо подать оригинал справки
7. Заявление на вычет НДФЛ по квартире в ипотеке, в котором Вы указываете реквизиты для перечисления возмещения НДФЛ. В налоговую службу нужно передать оригинал этого документа, заверенного Вашей подписью

Напоминаем, что право на налоговый вычет Вы получаете только спустя год после непосредственной покупки недвижимости.

Юлиана, спасибо!
Только вот не совсем понятно, через МФЦ это можно сделать или обращаться в налоговый орган по месту  регистрации?

Как Вам будет удобно, однако и в МФЦ необходимо обращаться в том городе, где у Вас имеется постоянная регистрация.