Здравствуйте!
МФЦ может отказать в приеме документов на субсидию только если:

1. Документы предоставлены не заявителем
2. Предоставленные документы не соответствуют требуемому списку
3. МФЦ не осуществляет прием документов на оформление субсидий

Вы вправе получить письменный отказ от сотрудника МФЦ и подать жалобу в Вышестоящую инстанцию.